2013—哈尔滨工程大学和南安普顿大学具有相似的学科方向和研究型大学定位，两校科研人员在
船海领域的交流与合作可追溯到上世纪90年代，2013年签署《谅解备忘录》，进一步推动了两校在人才培养、师资和科学研究全方位开展实质性工作，为合作办学奠定了良好基础。
2014—1月，哈尔滨工程大学与南安普顿大学合作举办2014振动与结构声学国际会议。
2015、2016—两校围绕本科生合作教育项目和研究生联合培养项目先后签署《合作教育协议》和《学术合作意向书》,两校的本科交换生项目被列为“国家优秀本科生项”,研究生联合培养项目被列为“国家建设高水平大学公派研究生项目”、“国家公派联合培养博士研究生项目”创新型人才国际合作培养项目”,两校还合作开展本科阶段的“2+2”、“3+1”合作教育项目和访问学者。
2017—两校达成在“智慧海洋合作构想”下建立全面战略合作伙伴关系的意向。在“智慧海洋合作构想”下,以“绿色、智慧海洋”为目标,两校在联合学院的基础上推进联合研究中心项目,在船舶与海工、动力、感知、控制、人文与法律等领域,在基础科学、关键技术上联合攻关,共同助推两国的产业发展,并为全球提供先进技术和输送高端人才。
2017年12月6日,哈尔滨工程大学与南安普顿大学等单位共同承办“中英绿色海洋科技创新论坛”,通过对全球海洋科技趋势、中英海洋科技与合作等主题进行学术研讨,中英两国将在海洋空间资源开发、海洋工程装备、航运领域谋划产学研深度融合的途径和举措。此次中英绿色海洋科技创新论坛开启了中英该领域科技合作的新篇章,同时也为双方推动全球海洋科技创新合作与创新打下良好基础。
2018—3月双方签署《哈尔滨工程大学南安普顿大学在中华人民共和国设立非法人中外合作办学机构合同》《哈尔滨工程大学南安普顿大学联合学院章程》
2018年10月31日，向教育部提交联合学院申报材料.
2019—3月3日至4月20日，哈尔滨工程大学教师赴南安普顿大学参加为期第一期师资培训项目，并与南安普顿大学相关课程负责人共同进一步完善教学大纲、讨论联合学院师资培训方案。
2019年9月20日，教育部国际司在北京组织举行哈尔滨工程大学南安普顿海洋工程联合学院中外合作办学机构专家集中评议会议。哈尔滨工程大学与南安普顿大学代表参加答辩，工信部、省教育厅和英国使馆代表参会并表示对联合学院工作的支持。
2019年10月-11月，哈尔滨工程大学教师赴南安普顿大学参加第二期培训。
2020—4月，哈尔滨工程大学南安普顿海洋工程联合学院获得教育部批准。